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  この手の障害、Phpspreadsheetを実装しているとしょっちゅう出力の際で起こるので、それに即した経験と対策でよければ。

 

  その途中でサーバが落ちれば、途中までのファイルだけが処理されている状態で放置されます。

 

  もし、万が一落ちた場合、次に読み込んだ際に、欲しいファイルが揃っていなければ既存のフォルダ内ファイルを消去するという処理にすればいいのではないかと思います。