回答編集履歴
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自分で調べるなら、ここを入り口としても良いと思います。
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[第78回 MySQLプロトコルのハンドシェイクパケットを眺めてみる](https://gihyo.jp/dev/serial/01/mysql-road-construction-news/0078)
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この辺を理解したうえで、各言語
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この辺を理解したうえで、各言語ライブラリの実装状況を調べることになると思います。
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**が、マニュアルにない箇所もあるので、結構大変です。**
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たとえば、PDO の暗号化を有効にする方法は、外部のサイトを参考にしました。
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回答依頼があったので回答しますが、私は中途半端な理解で諦めました^^;
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途中まで調べたときに役立ったサイトの情報を記述しておきます。
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まず、
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まず、MySQL のクライアント-サーバ間の接続には複数の方法があることを理解してください。
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[4.2.3 サーバーに接続するためのコマンドオプション-MySQL 8.0 リファレンスマニュアル](https://dev.mysql.com/doc/refman/8.0/ja/connection-options.html)
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[4.2.7 接続トランスポートプロトコル-MySQL 8.0 リファレンスマニュアル](https://dev.mysql.com/doc/refman/8.0/ja/transport-protocols.html)
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