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もっとも、その間もイベントは貯えられているので、ENDボタンを押し(この時点では何も起きない)→plt.showのウィンドウを閉じる→(このタイミングでENDボタンが押されて)rootウィンドウが閉じる、という動作になります。
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IDLEから実行した場合は、rootウィンドウを閉じても、それまでに開いたplt.showのウィンドウは閉じません。これは、IDLEのウィンドウ("IDLE Shell X.X.X"と書いてあるほう)でPythonのプロセスが実行中のままになっていて、その子プロセスであるplt.showのウィンドウも閉じないのだと思われます。
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実際に、IDLEのウィンドウ("IDLE Shell X.X.X"と書いてあるほう)を閉じると、plt.showのウィンドウも一緒に閉じますし、「Run」→「Run... Customized」(`Shift-F5`キー)でコードを実行する際に「Restart Shell」にチェックを付けても、古いplt.showのウィンドウは閉じます。
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ということで、IDLEでは「ENDボタンを押すとplt.showのウィンドウも閉じる」という動作を実現するのは無理ですね。Visual Studio Codeへの移行を考えられてはどうでしょうか。
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