回答編集履歴
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考えられる原因の追加
test
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Docker コンテナ内部では標準で Root ユーザとなるので `~/project/hoge.sh` が `/root/project/hoge.sh` を示していることになると思いますが、そこにそのスクリプトがありますか？
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また、エラーメッセージで `~/...` とチルダのままなのでホームディレクトリとして展開されていないように見えます。もし `/root/project/hoge.sh` にスクリプトがあってこのエラーが出ている場合は `$HOME/project/hoge.sh` にするか、絶対パスで `/root/project/hoge.sh` にしてはどうでしょうか？
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