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  高負荷のクエリを投げてシステム全体に影響を及ぼしているのであれば、部門や会社を挙げて対策を考えるべきです。

  先にも書いたように当該ユーザーも嫌がらせで高負荷IOクエリを実行しているわけはないはず。業務で取得したデータを使用したいからクエリを投げているはずです。

  どのようなクエリを投げているか（は、[スロークエリーログ](https://dev.mysql.com/doc/refman/5.6/ja/slow-query-log.html)を見ればわかると思います）、実行しているクエリにパフォーマンス的な改善余地がないのか、取得したデータをどのような業務に使用しているか、など詳細をヒアリングし、もっと別の解決方法を模索できないでしょうか。

  ストアドプロシージャにしてウェイトをかけながらfetchさせれば時間当たりのIOは減らせるかもしれません。

  当該ユーザー当人に直接干渉するのが憚られる場合は、上役を通して政治的にお話し合いをしてもらうのも一つの手です（上司はそのために存在する！）