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  その条件で確認してみました。まず、Class1.vb ですが、内容は質問者さんのコードと同一として、名前空間 AAA.BBB は Root namespace を加えたものとして認識されています。

 

 

  その Class1 を WebForm1.aspx.vb から以下のように利用できます。

 

 

  ちなみに、Imports WebApplicationVB.AAA.BBB の BBB にマウスのカーソルを当てると以下のようになります。

 

 

  質問者さんのケースで何故上記と状況が異なるのかは分かりません。自分のプロジェクトと見比べてどこか違う点は無いか確認してみてください。