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まずはスコープを分けずに動かしたほうがデバッグしやすいかと思いますよ。
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$pdoをvar_dump()したりしながら、どこかでfalseになったりしていないかチェックするなど。
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while($r = $stmt->fetch(PDO::FETCH_ASSOC)){
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$atai = $atai . '"'. $r['atai'].'".';
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$date = $date . '"'. $r['daytime'].'".';
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$atai = trim($atai,",");
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$date = trim($date,",");
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$ataiArray = [];
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$dateArray = []
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while($r = $stmt->fetch(PDO::FETCH_ASSOC)){
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array_push($ataiArray, '"'. $r['atai'] . '"';
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array_push($dateArray, '"'. $r['daytime'] . '"';
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}
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$atai = implode(',', $araiArray);
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$date = implode(',', $dateArray);
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ってやっとくと、全項目にダブルクォートを囲いつつも、無駄なくカンマ区切りになってるかと。
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mysqlをどういうふうに構築したかわからないのでなんとも言えませんが、
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もしかしてmysql接続用のポートがデフォルト値と変わっていたり、
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あるいはrootユーザーでは接続できない設定になっていたりしないでしょうか。
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それと、DB接続の5行程度のコードだけ関数に外出しするよりは、
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まずはスコープを分けずに動かしたほうがデバッグしやすいかと思いますよ。
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$pdoをvar_dump()したりしながら、どこかでfalseになったりしていないかチェックするなど。
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function db_connect()内のローカル変数である$pdoは、関数が終了した時点で消えますし、
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（コードを見間違ったので、一旦撤回。）
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