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  Jqueryを直接サイトからダウンロードする場合とCDNなどのスクリプトをHTMLに直接埋め込んでJqueryを実行する違いはローカル開発する場合や作り終わったサイトをサーバーにアップロードしていると外部サイトのコードを読み込むことになるのでサーバーのリソースを少し食う可能性があるので、そのためダウンロードする方式とCDNで読みこむという違いがあります。

  Jqueryぐらいの場合だと対して違いは出ませんが、fontを読み込む場合などではかなりローカルにダウンロードする方式と読み込み速度に差が出てきます。

  Jquery初心者向けの情報に丁度いい記事があったので貼っておきますね。