回答編集履歴
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追記
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@@ -18,8 +18,14 @@
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[http://oswald.hatenablog.com/entry/2014/01/27/195427](http://oswald.hatenablog.com/entry/2014/01/27/195427)
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これで、このパソコンは日本の時刻（JST）を使う事が確定します。
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なんでそんな設定するねんという話ですが、
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全てのマシンはJSTがUTC+9時間という事を知っているからです。
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UTCさえ分かればJSTを何時でも求める事が可能です。
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dateコマンド打ってJSTが表示されるのは、人間様の都合で「俺日本人だからUTCで出されても困るんだよ、だからJSTで表示してねお願い」と言ってるだけの話です。
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> 1. どこかのサーバーでUTCではなくJSTを配布しているサーバーはないのでしょうか？
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UTCのみ
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文章修正
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@@ -27,20 +27,14 @@
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> 2. 何かのサービスで時刻を参照するようなときはBIOSの時刻かNTPの時刻どっちをとってきているのでしょうか？例えばmysqlなどのテーブルに時間を書き込むときの時間の参照先がbios時刻なのかntp時刻なのか。
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NTPの時刻？
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マシンが持ってる時刻はBIOSの時刻の1個のみで、パソコンに内蔵されている時計は基本的に品質が悪く数秒のズレがすぐに発生してしまいます。
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なので、定期的に品質の高い時計積んだサーバー（所謂NTPサーバー）に今何時？と問い合わせ教えてもらっているだけです。
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ローカルマシン「ちょっとNTP鯖さん、正しい時刻知りたいから今の時刻教えてくれ。」
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NTP鯖「ええと…UTCで2016/02/24 10:52:30だね。」
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ローカルマシン「なるほどなるほど、俺のマシンJSTだから9時間プラスして2016/02/24 19:52:30で登録しとくわ、ありがと！」
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NTPサーバーのタイムゾーンによらず、正確な時刻を得られるので気にする必要は皆無です。
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> 3. ntpとbiosの時刻が互いにUTCとJSTですがなにか問題は起きないのでしょうか？
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NTPサーバーとの通信内容は以下のようになります。
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時刻を気にしないで`YYYY-MM-DD hh:mm:ss`というフォーマットを使うと何処の時刻か分からずシッチャカメッチャカになるケースがあります。
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[ISO8601](https://ja.wikipedia.org/wiki/ISO_8601)という国際規格に則り`YYYY-MM-DDThh:mm:ss+09:00`というフォーマットで正しく扱うと最も問題はありませんが、
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ローカルマシン「ちょっとNTP鯖さん、正しい時刻知りたいから今の時刻教えてくれ。」
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NTP鯖「ええと…UTCで2016/02/24 10:52:30だね。」
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ローカルマシン「なるほどなるほど、俺のマシンJSTだから9時間プラスして2016/02/24 19:52:30で登録しとくわ、ありがと！」
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誤りの修正
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@@ -22,7 +22,8 @@
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> 1. どこかのサーバーでUTCではなくJSTを配布しているサーバーはないのでしょうか？
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UTCのみ
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[Wikipedia](https://ja.wikipedia.org/wiki/Network_Time_Protocol)で「NTPプロトコル上では協定世界時 (UTC) を使って時刻を送受信する。」と定義されているので基本的に例外はなし
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> 2. 何かのサービスで時刻を参照するようなときはBIOSの時刻かNTPの時刻どっちをとってきているのでしょうか？例えばmysqlなどのテーブルに時間を書き込むときの時間の参照先がbios時刻なのかntp時刻なのか。
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