回答編集履歴
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これで、このパソコンは日本の時刻（JST）を使う事が確定します。
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なんでそんな設定するねんという話ですが、
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全てのマシンはJSTがUTC+9時間という事を知っているからです。
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UTCさえ分かればJSTを何時でも求める事が可能です。
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dateコマンド打ってJSTが表示されるのは、人間様の都合で「俺日本人だからUTCで出されても困るんだよ、だからJSTで表示してねお願い」と言ってるだけの話です。
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文章修正
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NTPの時刻？
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マシンが持ってる時刻はBIOSの時刻の1個のみで、パソコンに内蔵されている時計は基本的に品質が悪く数秒のズレがすぐに発生してしまいます。
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なので、定期的に品質の高い時計積んだサーバー（所謂NTPサーバー）に今何時？と問い合わせ教えてもらっているだけです。
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> 3. ntpとbiosの時刻が互いにUTCとJSTですがなにか問題は起きないのでしょうか？
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NTP
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NTPサーバーとの通信内容は以下のようになります。
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NTP鯖「ええと…UTCで2016/02/24 10:52:30だね。」
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ローカルマシン「なるほどなるほど、俺のマシンJSTだから9時間プラスして2016/02/24 19:52:30で登録しとくわ、ありがと！」
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NTPサーバーのタイムゾーンによらず、正確な時刻を得られるので気にする必要は皆無です。
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> 3. ntpとbiosの時刻が互いにUTCとJSTですがなにか問題は起きないのでしょうか？
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プログラミング時に、単純にdate()関数等を使って文字列を無造作に取り出す時、
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時刻を気にしないで`YYYY-MM-DD hh:mm:ss`というフォーマットを使うと何処の時刻か分からずシッチャカメッチャカになるケースがあります。
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[ISO8601](https://ja.wikipedia.org/wiki/ISO_8601)という国際規格に則り`YYYY-MM-DDThh:mm:ss+09:00`というフォーマットで正しく扱うと最も問題はありませんが、
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それぞれのプログラム言語には時刻やタイムゾーンを正しく扱う作法がありますので、
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身近な詳しい方にでも聞いたり調べれば問題なく扱えるでしょう。
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誤りの修正
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UTCのみ
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[Wikipedia](https://ja.wikipedia.org/wiki/Network_Time_Protocol)で「NTPプロトコル上では協定世界時 (UTC) を使って時刻を送受信する。」と定義されているので基本的に例外はなし
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