回答編集履歴
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Atomでツリー階層で見たいのならプラグインを入れる必要がありそうです。
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つまり、何も入れないままだと現状が仕様通りの挙動。
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ただ、UbuntuならVisual Studio Code のほうが使いやすそうには思います。(自身はVSCode入れてます)
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