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最初にFreeNASを設定した時に、マウントポイントとして public_htmlフォルダを作成。次に、Apache httpのドキュメントルートとして、public_htmlフォルダを設定。すると、DBの置き場所がなくなってしまったので、public_htmlフォルダに入れた、ということでしょうか？ つまりこんな感じです。
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最初にFreeNASを設定した時に、マウントポイントとして public_htmlフォルダを作成。次に、Apache httpdのドキュメントルートとして、public_htmlフォルダを設定。すると、DBの置き場所がなくなってしまったので、public_htmlフォルダに入れた、ということでしょうか？ つまりこんな感じです。
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もしこうなっているのなら、最初に戻って、マウントポイントの作りなおしと、Apache httpのドキュメントルートの設定しなおしをしたほうがいいです。
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もしこうなっているのなら、最初に戻って、マウントポイントの作りなおしと、Apache httpdのドキュメントルートの設定しなおしをしたほうがいいです。
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フォルダーの再配置案を追記しました
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`.htaccess` などでアクセス制限をかけるのではなく、最初から公開されないフォルダ（`[public_html]`の外側）にDBを移動してください。
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FreeNASのことを少し調べてみました。FreeNASは元々はファイル共有をするためのものですが、ウェブサーバーを動かしたいというニーズを持った人も多く、最近のバージョンでは、NASのウェブベースの管理画面から、Apacheウェブサーバー（httpd）を設定して動かすことができるようです。
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なので、思うにこれは、
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最初にFreeNASを設定した時に、マウントポイントとして public_htmlフォルダを作成。次に、Apache httpのドキュメントルートとして、public_htmlフォルダを設定。すると、DBの置き場所がなくなってしまったので、public_htmlフォルダに入れた、ということでしょうか？ つまりこんな感じです。
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└── public-html <= NASのマウントポイント、Apacheドキュメントルート
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│ └── hoge.db <= .htaccessで隠したい
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まあ、違ってたら、この先は無視してもらってかまわないのですが。
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もしこうなっているのなら、最初に戻って、マウントポイントの作りなおしと、Apache httpのドキュメントルートの設定しなおしをしたほうがいいです。
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例えばこんな感じ。
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└── www <= NASのマウントポイント
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├── db
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│ └── hoge.db
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└── public-html <= Apacheドキュメントルート
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あと、質問にFreeNASのバージョンを追記してもらえると、回答しやすくなると思いました。
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