回答編集履歴
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質問のケースが、更新データが大量にあってそれを更新したいという事なら、そのデータを作業用のテーブルに[LOAD DATA INFILE](https://dev.mysql.com/doc/refman/5.6/ja/load-data.html)等でインポートして、そのテーブルを元に更新するのが手間が掛からないと思います。
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質問のケースが、更新データが大量にあってそれを元に更新したいという事なら、そのデータを作業用のテーブルに[LOAD DATA INFILE](https://dev.mysql.com/doc/refman/5.6/ja/load-data.html)等でインポートして、そのテーブルを元に更新するのが手間が掛からないと思います。
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追記
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質問のケースが、更新データが大量にあってそれを更新したいという事なら、そのデータを作業用のテーブルにインポートして、そのテーブルを元に更新するのが手間が掛からないと思います。
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質問のケースが、更新データが大量にあってそれを更新したいという事なら、そのデータを作業用のテーブルに[LOAD DATA INFILE](https://dev.mysql.com/doc/refman/5.6/ja/load-data.html)等でインポートして、そのテーブルを元に更新するのが手間が掛からないと思います。
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追記
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更新先と更新値のテーブルを結合してupdateすれば、SQL文に分岐は必要なくなります。
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当然ですが、更新値のデータはバリエーション分作成する必要があります。
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質問のケースが、更新データが大量にあってそれを更新したいという事なら、そのデータを作業用のテーブルにインポートして、そのテーブルを元に更新するのが手間が掛からないと思います。
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