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> 別ファイルで読み込んだPHPファイルの連想配列の中身を上書きすることはできますか？
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出来なくは無いですが普通はやりません。
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`file_get_contents()`で保存したテキストを読み込んで`unserialize()`で配列化
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再保存時
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編集した配列を`serialize()`で保存
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編集した配列を`serialize()`でテキスト化した後に`file_put_contents()`保存
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だと思います。
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だと思います。
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file_get_contents()とfile_put_contents()、serialize()とunserialize()の具体的な使い方は
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[PHPマニュアル](https://www.php.net/manual/ja/index.php)でそれぞれ右上の検索窓から検索してみてください。
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別の方法
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ケースに寄りますが、多くの場合SQLでデータを操作する方が楽です。
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SQLiteを使えばMySQL等のRDBMSをインストール/動作させること無くSQLでデータを管理出来るので
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検討されても良いかもしれません。
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（PHPは標準でSQLiteが使えるので、レンタルサーバーなどでも問題無く使用できます）
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