回答編集履歴
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追記
test
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自ビルド版とプリビルド版の相違があるので確実ではないですが、恐らくOpenCVのバージョン違いではないでしょうか？
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【追記】
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[OpenCVを使う人向けの変更点が書かれたページ](http://docs.opencv.org/master/db/dfa/tutorial_transition_guide.html#gsc.tab=0)がありました。
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このページによると、2.4のCvANN_MLPは、3.0ではcv::ml::ANN_MLPに対応するそうです。
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再度shimaokazuさんが使われているビルド環境のインクルード・フォルダを確認してみて下さい。
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/usr/include/ではなく別のフォルダになっており、そこにOpenCV 3.0.0がインストールされている可能性があります。
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