回答編集履歴
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追記
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@@ -23,3 +23,15 @@
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（というか使用される前提で設計しますが、使用されない場合があるかどうかを確認したことが無いですね）
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但し、(`class_id`,`content_id`)のインデックスより効率は悪い
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以下を一読される事をお薦めします。
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[8.3.1 MySQL のインデックスの使用の仕組み](https://dev.mysql.com/doc/refman/5.6/ja/mysql-indexes.html)
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質問はインデックスの使用/未使用ですけど、言葉通りに効く/効かないで言うと、母集合に対しての抽出割合次第です。
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割合が大きい場合にはインデックスがあっても使用する方がコスト高になり使用されないので、インデックスは効きません（効果が無い）
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追記
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@@ -21,3 +21,5 @@
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インデックスが使用される場合の方が多いと思います。
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（というか使用される前提で設計しますが、使用されない場合があるかどうかを確認したことが無いですね）
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但し、(`class_id`,`content_id`)のインデックスより効率は悪い
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推敲
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@@ -19,3 +19,5 @@
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インデックスが使用される場合の方が多いと思います。
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（というか使用される前提で設計しますが、使用されない場合があるかどうかを確認したことが無いですね）
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推敲
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@@ -18,4 +18,4 @@
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使用される場合の方が多いと思います。
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インデックスが使用される場合の方が多いと思います。
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