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たとえば、`yum update`を実行するようにしていれば、コンテナイメージを作るタイミングで結果が変わってきます。
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これはVMでも同じことだと思いますので、欠点ではない
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これはVMでも同じことだと思いますので、欠点ではないと思います。
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良し悪しはやりたいことによって大きく変わると思うので、ここでは良し悪しに言及せずにDockerの特徴や事例について述べさせて頂きます。
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そもそもDocker(コンテナ)と従来のVMとの仮想化技術が異なります。
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ざっくり言えばVMはマシンそのもの（ハードウエア）をエミュレーションするのに対して、コンテナはアプリケーションが動作するために必要なファイル群（ファイルシステム、ミドルウェア、アプリ）をコンテナイメージに詰め込んで、ホスト上であだかも独立した環境(CentOS、Ubuntuなど)で実行される**プロセス**のことです。
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ざっくり言えばVMはマシンそのもの（ハードウエア）をエミュレーションするのに対して、コンテナはアプリケーションが動作するために必要なファイル群（ファイルシステム、ミドルウェア、アプリ）をコンテナイメージに詰め込んで、ホスト上であだかも独立した環境(CentOS、Ubuntuなど)で実行される**プロセス**のことです。
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コンテナランタイムによってはセキュリティ向上を図るために軽量なVM内にコンテナを動かすものもありますが、ココでは割愛します。詳細は[こちら](https://qiita.com/mamomamo/items/ed5db2ab1555078f8a24)を参照ください
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Docker Desktop(Windows版)でWSL2モードではなくかつLinuxコンテナを扱う場合は、Hyper-VにDocker専用の軽量なVMが稼働しますが、それでもVirtualBoxよりかはパフォーマンスがいいと思います。（VirtualBox上に何を載せるかによるかと思います）
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質問のようにWebサービスでコンテナとVMのどちらを使うかとなると私見としてはコンテナ一択です。
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