回答編集履歴
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まず、どのように崩れているのかをキャプチャがあると回答しやすいです。
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ご存知かと思いますが、描画するのはブラウザの役割なので、httpsしたことでレイアウトが崩れるようなことはないと思います。
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コードを拝見すると、ブラウザがHTMLを読み込む際に、jqueryやd3などが取得できていない状態でjsが実行されることによるエラーではないかと想像しています。ブラウザの開発コンソールでjsエラーがないかを確認してください。
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よくある対策としては、jqueryの`$(document).ready()`を使います。
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ブラウザの開発コンソールでjsエラーがないかをご確認してください。
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https://learn.jquery.com/using-jquery-core/document-ready/
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