回答編集履歴
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説明補足
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@@ -1,17 +1,39 @@
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回答を大幅に修正しました。
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[このあたりを参考して](https://www.javadrive.jp/perlfunc/io/index1.html)
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っと、
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１．オープンのモードについて
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失礼しました。
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添え字jのループ内でopen～closeしていますが、オープンモードが毎回 ">"なのでファイルが毎回トランケートされてしまいますね。
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">>"に変更すれば良いかと。
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２．正しいインデントを（これに惑わされました）
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```Perl
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while ( my $line= <$infh>) {
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$i++;
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if ($i == 1){
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next;#skip label
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}
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```
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最後のブレスは一見whileの終わりに見えますが、whileループ内のif分の終わりです。
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これでは１回目のforループで入力ファイルを全て読み終わって、全て出力ファイル１に書き込んで
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しまいます。
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２回目以降のforループは入力ファイルが既にEOFなので空振りするだけです。
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インデントは正しく書きましょう。
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追記
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open(my $fh, ...)という書き方もありですね。
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失礼しました。
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添え字jのループ内でopen～closeしていますが、オープンモードが毎回 ">"なのでファイルが毎回トランケートされてしまいますね。
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">>"に変更すれば良いかと。
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追記
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open関数の第１パラメータはファイルハンドルですよ。（スカラ変数ではありません）
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[このあたりを参考して](https://www.javadrive.jp/perlfunc/io/index1.html)
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っと、
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open(my $fh, ...)という書き方もありですね。
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失礼しました。
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