回答編集履歴
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アプリケーション側で実行しても画面出力やSQL本来とは関係のないロジックにより純粋な結果にはなりません。
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実行予定のSQLを取得し、それぞれ[実行計画](https://dev.mysql.com/doc/refman/5.6/ja/explain-output.html)をとってください。
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# 別解
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ちなみに、コマンドで実行するとちゃんと実行時間が返ってきます。
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※EXPLAINでもなくてもOK
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なので、「アプリケーションから実行しないこと」って言ってたんですけどね。
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アプリケーション側で実行しても画面出力やSQL本来とは関係のないロジックにより
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アプリケーション側で実行しても画面出力やSQL本来とは関係のないロジックにより純粋な結果にはなりません。
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実行予定のSQLを取得し、それぞれ[実行計画](https://dev.mysql.com/doc/refman/5.6/ja/explain-output.html)をとってください。
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