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- 少なくとも見た感じでは`/home/{$USER}`以下すべてがgitに追加されていて、見えてはいけないはずのファイル類までgitへ追加しているようなので一度クリーンにして、作業ディレクトリで`git init`してから再度確認したほうがいいかもしれません。