回答編集履歴

  in-app-browserに'beforeload'というインターセプト用のオプションがあります。

 

  コールバックを実行しない限りinappbrowserの処理はキャンセルされます。

 

  このイベント内に「外部URLであればコールバックは実行せずwindow.open(URL, '_system')で開く」という処理を組めば外部サイトだけを通常ブラウザで開けるかもしれません。