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そのために、「OSおよびPHPのインストール方法」を質問したのですが、いかがでしょうか?
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cronでGCを起動とのこと。その仕組は自作されたのでしょうか?
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そういう特殊な実装の場合は、その詳細を記載いただかないと回答できません。
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cronはどのユーザーで実行していますか? 権限がないために削除できない可能性があります。
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また、Apache等から起動されるPHPが参照する php.iniとコマンドライン（cron含む）から起動されるPHPが参照するphp.iniが異なるパスの場合もあります。このあたりも確認ください。
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