回答編集履歴
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GitHubリポジトリに置く前にphpで加工して、
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phpタグ（<?php ?>）を含まないhtmlとして配置すればよいのではないかと。
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phpタグ（<?php ?>）を含まないhtmlとしてリポジトリに配置すればよいのではないかと。
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[GitHub Pages について - GitHub ヘルプ](https://help.github.com/ja/github/working-with-github-pages/about-github-pages)
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GitHub PagesはPHPとは全く違う仕組みで動いているので、
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HTML内に仮にphpタグ（<?php ?>）を含めてもどの処理も理解せず
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phpのコードは実行されずそのままwebブラウザに出力されることでしょう。
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phpのコードは実行されずそのままwebブラウザに出力されることでしょう。
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[PHP: PHP タグ - Manual](https://www.php.net/manual/ja/language.basic-syntax.phptags.php)
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> PHP はファイルを解析して開始タグと終了タグ (<?php と ?>) を探します。 タグが見つかると、PHP はコードの実行を開始したり終了したりします。 このような仕組みにより、PHP を他のあらゆる形式のドキュメント中に 埋め込むことができるのです。つまり、開始タグと終了タグで囲まれている 箇所以外のすべての部分は、PHP パーサに無視されます。
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