回答編集履歴
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追記
test
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閾値を変えるごとに，線を描画しているバッファを適切に初期化すればよいだけではないでしょうか．
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（元絵の上に線を描いたような結果が欲しいならば，最も簡単には，毎度Matをcloneして描画バッファを用意すればよいのでは）
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あと，質問内容とは無関係ですが，HoughLinesへの入力画像は，
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"8-bit, single-channel binary source image. The image may be modified by the function. "
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とされているので，そのようなループで処理するのはまずい予感．
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言い回しの修正
test
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閾値を変えるごとに，線を描画しているバッファを適切に初期化すればよいだけではないでしょうか．
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（元絵の上に線を描いたような結果が欲しいならば，毎度Matをcloneして描画バッファを用意すればよいのでは）
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（元絵の上に線を描いたような結果が欲しいならば，最も簡単には，毎度Matをcloneして描画バッファを用意すればよいのでは）
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