回答編集履歴
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情報追加
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(iが行番号、jが列番号)
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でアクセスします。
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Matrixを使ってたんですね。Matrixは使ったことがないので、適切な回答にならないかもしれませんが、[ここ](http://www.geocities.jp/taka_owl2005/job/UNIX/tool/ruby/Matrix.html)にいささか古い情報になりますが、Matrixクラスに[]メソッドを定義して対処している例がありました。こちらを試されてみてはいかがでしょう。
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一部詳細化
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2次元配列の要素にアクセスするんですよね?ならば、
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a[i][j]
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(iが行番号、jが列番号)
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