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コメント内容から、こちらの想定と違ったのかと思ったのですが、その後にベストアンサーとなったので、一応補足しておきます。
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当初のコードでは、stopメソッドを呼び出すと、すぐにserをクローズしています。その後にスレッドの終了待ちを行なっているため、serクローズ直後に読み出したデータが不正データになるのではないかと思いました。
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これを、きちんとデータを読み終え、スレッドが終了するのを待ってから、serをクローズ、rootをdestroyすればと思った次第です。
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ただ、serクローズ状態でデータを読もうとすると、例外が発生するかもしれず、今回のような状況になるのかはわからなかったので、まずは試していただいた方がと考えました。
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なんとなく複合的な要因のようにも思いますが、本問題だけでなく、スレッド処理の際には、タイミングについても気をつけた方が良いという点を認識して貰えたらと思い、追記しました。
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# original code
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def stop():
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global stop_flag
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global thread
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ser.close()
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root.destroy()
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# スレッドがある場合停止してjoin()する
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if thread:
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stop_flag = True
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thread.join()
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thread = None
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```python
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# modified code
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def stop():
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global stop_flag
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global thread
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# スレッドがある場合停止してjoin()する
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if thread:
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stop_flag = True
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thread.join()
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thread = None
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ser.close()
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root.destroy()
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また、シリアルからのデータ読み込みの際に、以下のようにバイト列を文字列にしていますが、
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```python
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line = ser.readline().rstrip()
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s_line = str(line) #文字列化
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w_line = s_line.strip("b'") #受信文字から"b、'"を削除
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python3の場合は、以下のようにした方がよろしいかと思います。
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```python3
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line = ser.readline().rstrip()
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w_line = line.decode() # あるいは w_line = line.decode('utf-8')
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```
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