回答編集履歴
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誤解を招きそうな部分をちょっと修正
    
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            私画像処理はやっているもののPythonもOpenCVもあまり使ったことがないのでコードの正しさなどは分からないのですが
         
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            恐らくOpenCVのerodeは一般的なカーネルに対してのものなので最適化はされてない 
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            恐らくOpenCVのerodeは一般的なカーネルに対してのものなので個々のカーネルに対しての最適化はされてないと思います。
         
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            この場合カーネルの縦横分離が出来るので、1走査目で横方向に10pixelある部位の中心を残し、2走査目で縦方向に10pixelある部位の中心座標を取り出し、そこから乱数で取り出せばそこそこは高速になるのではないかと。
         
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