回答編集履歴
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説明を追記
answer
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clone ではなく、$sheet->copy() を使ってみてください。
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PHPSpreadsheet のリファレンスでも
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[PHPSpreadsheet のリファレンス](https://phpoffice.github.io/PhpSpreadsheet/master/PhpOffice/PhpSpreadsheet/Spreadsheet.html#method_copy)でも
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Copy workbook (!= clone!).
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と書いてあるように clone とは挙動が異なります。
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と書いてあるように clone とは挙動が異なります。
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本来 clone（により呼び出される __clone）は、
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Implement PHP __clone to create a deep clone, not just a shallow copy.
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とあるように、shallow copy ではなく deep copy を返すように組まれているようなのですが、正しく動作していない感じです。確実に deep copy を返している copy() を使った方が確実です。
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