回答編集履歴
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追記
test
CHANGED
@@ -3,3 +3,7 @@
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等の箇所の記述がグレースケール画像を前提とした実装になっているからでしょう.
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カラー(複数ch)画像に対してat<uchar>を用いているので,想定とは異なるbyte間の比較が成されてしまっていると思います.
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例えば画像が3chである場合,at< cv::Vec3b > 等で画素値を取得して比較するべきです.
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