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基本的に/binの下をどうこうしようと思ってはいけないです。(ディストリビューションをメンテナンスする人とか、ディストリビューションを自分で作る人でないかぎり)
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pyenvを使う目的は大きくは2つあると思っています。
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1. 様々なバージョンのPythonを1つの所にまとめて、ただしその中では別々に分離した形でインストールできる
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1. 様々な場所で「その中でどのPythonを使うのか」を管理できる(shimsの仕組みや、pyenv localやpyenv shell)
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私は後者のpyenv localのような発想が嫌いなのでその機能は使いませんが、前者の機能とshimsの仕組みは便利で使っています。
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前者の説明で「インストール」が曖昧です。ここでの「インストール」は
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「ソースをテンポラルにダウンロードして、それなりのビルドオプションでビルドする」「アーカイブをテンポラルにダウンロードして展開する」ということを**自動で**やってくれる、そしてそのビルド先/展開先はpyenvの中のディレクトリが**自動で**指定される
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という程度の話です。
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システムのPythonとは**別の**Pythonが欲しい時に「自分でビルドする技術がなくても、それなりのオプションでビルドされたCPythonが簡単に作れる」ぐらいに思っておけばいいかと。
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