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  上記 2 点がセキュリティ上問題となるかどうかは、セキュリティ要件によるところが大きいです。どのような要件が発生しているのか不明ですが、質問の記述にある範囲では、プログラムによる認証も Web サーバによる認証も特に違いは無いように思います。