回答編集履歴
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修正
test
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docker-compose up
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docker-compose up のエラーについては、ホストマシンの `/var/run/mysqld` ではなく、コンテナ内の `/var/run/mysqld` について操作する必要があるようです。
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+
docker-compose.ymlを見たところ、ホストマシンの `./db/mysql_data` にマウントされているようなので、ホストマシンの `./db/mysql_data` に対してchownやchmod操作をしてみてください。
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### 例１ commandでコンテナ内のディレクトリに対してchownを実行
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services:
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db:
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+
それでもダメな場合は、一度
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+ command: chown mysql:mysql /var/run/mysqld
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### 例２ ホストマシンのディレクトリをMySQLにマウント
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※こちらは一度作成したコンテナを削除してから試してみてください。volumes設定が反映されない場合があります。
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ローカルで
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$ docker exec -it db_1 bash
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+ - ./db/data:/var/lib/mysql
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などで一度MySQLのコンテナに入って `/var/run/mysqld` の状態を確認してみてください。
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追記
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などで使っていないイメージ等を削除してから再度buildしてみてください。
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参考：[dockerでいらないimage,container,networkを一括削除する](https://qiita.com/mom0tomo/items/911b92cc18871f52a2a0)
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## (追記)
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docker-compose up でエラーがまだ出ているとのことで、 `docker-compose.yml` のMySQLの設定に下記のような設定を追加してみてください。
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※すみません、こちらで動かしていないので確証は無いです・・・。
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+ command: chown mysql:mysql /var/run/mysqld
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※こちらは一度作成したコンテナを削除してから試してみてください。volumes設定が反映されない場合があります。
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参考：[docker-compose でMySQL環境簡単構築](https://qiita.com/A-Kira/items/f401aea261693c395966)
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