回答編集履歴
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コードは見ていません。極簡単な、考え方だけ、
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前提：コンピュータで実装されている乱数は、速度の都合もあり、正規乱数ではありません。
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乱数であれば、同じ数が来るのも、確率としては、ありです。
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ですので、一意の重ならない数を得る場合は、直接は乱数を使いません。
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簡単な、くじ引き程度：１～１０００個の場合は、トランプのシャッフルの考えを応用します。
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実際のトランプ、ゲームソフトのトランプのシャッフルでは、ゲームにならなくなるので、
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完全に混ぜたりはしません。
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１．１０～１０００個程度の重ならない、数を用意します。
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１０個程度でテストしてから、多い方の確認が良いかも。
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⇒ｎ個配列を用意して、配列には１以上の重ならない値をいれる。（連番でも可）
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２．１．で用意した数の場所を、乱数で引く、引き当て済みの値は、引き当て済みとする。
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質問を取り違えた様子ですので、削除
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３．引き当て済みの場所であれば、再度、試行する。
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または、前後を該当として、引当済みとする。
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この場合に、前後が引当済みであれば、再試行します。
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４．引き当て済みの場所１回毎に、行ってもよいが、数値の量が多いと、遅くなるので、
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３．での再試行が連続で、数回になったら、ガーベージをして
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（引き当て済み以外を前詰めするなど）、
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ガーベージ後は、当然、引き当て済みでない部分を対象として、引き当てを行います。
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５．全ての割り当てが終了するまで、試行します。
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乱数であれば、同じ数が来るのも、確率としては、ありです。
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ですので、一意の重ならない数を得る場合は、直接は
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ですので、一意の重ならない数を得る場合は、直接は乱数を使いません。
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簡単な、くじ引き程度：１～１０００個の場合は、トランプのシャッフルの考えを応用します。
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乱数であれば、同じ数が来るのも、確率としては、ありです。
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ですので、一意の重ならない数を得る場合は、直接
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ですので、一意の重ならない数を得る場合は、直接は、乱数は使いません。
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簡単な、くじ引き程度：１～１０００個の場合は、トランプのシャッフルの考えを応用します。
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