回答編集履歴
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c3.jsの実装を確認するとbindtoというキーの対象が#chartになっているのでご推測のとおりと思います。
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ちなみにあくまで`c3.generate()`で全てやってくれてるので変数で受け取る必要はないようです（手元で検証済み）
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このライブラリ前提で
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このライブラリ前提で、同じページに設置したいのであればそれぞれのグラフを別ページとしてhtml作成して、iframeで読ませることになると思います。
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