回答編集履歴
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情報をもう少しほしいという感じで追記しました。
test
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@@ -75,3 +75,165 @@
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### 追記
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以下を確認してください。
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(1) Redmineのソースコードは /var/lib/redmine 以下とのことですが、ls コマンドの出力はこのようになっていますか？
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まず /var/ib/redmineに cd してから ls -Fです
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```bash
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# cd /var/lib/redmine
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# ls -F
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CONTRIBUTING.md Rakefile config/ extra/ plugins/ vendor/
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Gemfile app/ config.ru files/ public/
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Gemfile.lock appveyor.yml db/ lib/ test/
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README.rdoc bin/ doc/ log/ tmp/
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(2) bundle install コマンドは このディレクトリで実行していますか？
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Redmineのセットアップで参考にした手順がありませんか？
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別トピックでRedmineのものらしいものがありますが、こちらの「質問本文」に添付いただけますか？
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bundle installの方法もいくつかあるので、実行したコマンドを正確に書いていただけますか？
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```bash
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# pwd
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/var/lib/redmine
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# bundle
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Using rake 12.3.2
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Using concurrent-ruby 1.1.5
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Bundle complete! 33 Gemfile dependencies, 83 gems now installed.
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Gems in the groups postgresql and rmagick were not installed.
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Bundled gems are installed into `/usr/local/bundle`
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(3) Databaseの設定は済んでいますか？
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> .bundleディレクトリで上記のコマンドをうった結果は以下のようにでました、、、、
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コメントに書かれてありましたが、提示しているコマンドはいくつかあるので、できれば正確に書いてください。
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でないとお手伝いがどうしてもできません...。
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一旦、以下のメッセージが出たようなので、これに関してはDBとの疎通が取れない状況になりますね。
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Mysql2::Error: Access denied for user 'root'@'localhost' (using password: YES)
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root@localhost と出てくるので、同じインスタンスにMySQLが上がっていると思いますが、そちらの設定は住んでいますか？
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(4) ソースコードは勝手に変更したりしていませんか？
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Redmineのソースコードで、通常修正する必要があるのが、config/database.yml です。
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GemfileやGemfile.lock は編集する必要がないはずです。
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> 確認してみたところ確かにディレクトリで作成していました！
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> ファイルになおしました。
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最初のトラブルで、Gemfile.lock がディレクトリだったようですが、普通はそうならないはずです。
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また、自分でなにかする必要はないはずです。
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+
> ファイルになおしました。
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の点も、ちょっと気になります。なにかファイルを自分で作って記入かなにかをされていますか？
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本来は自分でいじらなくても、以下のような内容が入っているはずです。
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```
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GEM
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remote: https://rubygems.org/
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specs:
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actioncable (5.2.3)
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actionpack (= 5.2.3)
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nio4r (~> 2.0)
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```
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