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従来型の仮想マシン上で別OSが起動するような環境をイメージされているんだと思いますが、根本的な発想が異なるので、その辺を調べて本当にコンテナの利用が適した使い方なのか、を判断された方が良いかと。
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コンテナ自体の扱い方がしっくりこない（環境をいじってOSごと再起動するような方法が良い）のであれば、Virtual boxやVMVare等、従来型の仮想マシンをご利用された方が良いと思います。
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つまり「コンテナ内のnginxやalpine自体を再起動」するのではなく、「ベースとなるコンテナイメージに対し、必要に応じてファイルを追加したりコマンドを追加した（この場合.confファイルを追加した）新たなコンテナを構築」して、起動するだけで良いはず。
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あとそもそも論ですが、「コンテナ内のalpine」というのはコンテナの実行環境であるホスト側とカーネルを共有してますので、「再起動」という発想は適さないと思います。
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従来型の仮想マシン上で別OSが起動するような環境をイメージされているんだと思いますが、根本的な発想が異なるので、その辺を調べて本当にコンテナの利用が適した使い方なのか、を判断された方が良いかと。
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