回答編集履歴
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推敲
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実データが1,000万件でも質問のSQLでメモリーが不足するように思えません。
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コンソールでそのSQLを実行してエラーになるでしょうか？
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どちらかと言うと、その結果を配列に変換する際
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どちらかと言うと、その結果を配列に変換する際に件数が多くて発生しているように思います。
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件数に制限を持たせるか、分割して処理するようにすれば良いのではないでしょうか。
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補足
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実データが1,000万件でも質問のSQLでメモリーが不足するように思えません。
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コンソールでそのSQLを実行してエラーになるでしょうか？
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どちらかと言うと、その結果を配列に変換する際の件数だと思います。
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件数に制限を持たせるか、分割して処理するようにすれば良いのではないでしょうか。
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