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私は「もうやめた方がいい」と思います。ただし、当該のブロジェクトでそうするべきかどうかは判断できません。少なくとも、未来のどこかではやめた方がいいと思います。
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ファイルベースでの開発がすたれ、データベース中心に移行したのは、流行りすたりの問題ではなく、そうなるべき必然性があるからです。そのような大きな潮流に逆らうことは避けたほうが賢明かと思います。
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それに、web創成期にファイルベースの仕組みが主流だったのは、当時データベースの技術がなかったからではありません。まだPCサーバーがデータベース・サーバーとしては非力だったことや、MySQL等のオープンソースデータベースが成熟していなかったからであり、もし使えるなら使っていたわけです。なので、現在においてデータベースを避ける技術的な理由はほとんどないと思います。
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データベースを使うべき理由は、具体的には、tanatさんが挙げておられるような内容になりますが、特に排他制御やトランザクションの仕組みが貧弱なのは致命的ではないかと思います。ファイルベースでも排他制御自体は可能ですが、データベースのように行単位のロックができるわけではないので、性能や柔軟性の点で制約になります。
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