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ファイルベースでの開発がすたれ、データベース中心に移行したのは、流行りすたりの問題ではなく、そうなるべき必然性があるからです。そのような大きな潮流に逆らうことは避けたほうが賢明かと思います。
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それに、web創成期にファイルベースの仕組みが主流だったのは、当時データベースの技術がなかったからではありません。まだPCサーバーがデータベース・サーバーとしては非力だったことや、MySQL等のオープンソースデータベースが成熟していなかったからであり、もし使えるなら使っていたわけです。なので、現在においてデータベースを避ける技術的な理由はほとんどないと思います。
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