回答編集履歴
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追記
test
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echo '魚類（ホラアナゴ科、ゲンゲ科）、カニ（ズワイガニ）、エビ（テナガエビ）'|perl -pe 's/(?<!）)、/\|/g'
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`）`のあとに`、`という条件判定が使えないなら、正規表現一発での対応は難しいでしょう。
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以下のスクリプトでは、カッコで含まれた部分を取り出し、その中身を`、`で分割して`|`を介してくっつけ直すという方法を使ってみました。
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echo '魚類（ホラアナゴ科、ゲンゲ科）、カニ（ズワイガニ）、エビ（テナガエビ）ウニ、ヒトデ、その他（生物）'|perl -pe '$s=sub{join("|",split(/、/, $_[0]))}; s/(（.*?）)/$s->($1)/ge'
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