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  jsはその中に書かれている文字列は、ブラウザのjsエンジンが解釈しはじめて動くもので、フェイズとしてもサーバ側スクリプトとクライアント側スクリプトの動くタイミングは全く別です。

 

  > 「phpの内部でhtmlタグを宣言すると、htmlファイルが作成され、それがブラウザに送信される」

  http://sub.domain.com/file.phpというアクセスをしたとき、webサーバ(apache)が、一定のルールで特定のフォルダに保存されている、file.phpを取得し、返そうとします。このとき、file.phpをそのまま返すのではなく、これもapacheの設定にある一定のルールによりphp.exeにソースコードとしての処理を任せます。

  結果として、出来上がったものが、htmlなのかjsonなのかはphpのコード次第です。htmlとして送るかjsonとして送るかはレスポンスヘッダに記載があるので、ブラウザはそれをそういう文書として受け取ります。