回答編集履歴
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一部誤記修正と文章の修正
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まず、x264はffmpeg以外でも利用する可能性があって、`--enable-shared`を付けているのでしょうか？また、`--prefix`をつけていないため、インストール先はデフォルト（/usr/local
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まず、x264はffmpeg以外でも利用する可能性があって、`--enable-shared`を付けているのでしょうか？また、`--prefix`をつけていないため、インストール先はデフォルト（/usr/localなのかな？）になりますが、それだとユーザー権限のまま`make install`を実行しても書き込み権限がないために失敗するでしょう。それなのに、`/usr/local/bin`にx264が存在すると記されているのですが、そのx264はどこから出てきたものなのでしょうか。これはffmpegについても言えます。
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ffmpegのビルドについても、Stan_Dmaさんがコメントされている通り、環境変数PKG_CONFIG_PATHによって、
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ffmpegのビルドについても、Stan_Dmaさんがコメントされている通り、環境変数PKG_CONFIG_PATHによって、（成功しているなら）先にインストールしたx264による情報が存在するpkgconfigへのパス（prefix無指定インストールなら`/usr/local/lib/pkgconfig`）を指定する必要があります。それが抜けている状態でffmpegをビルドしても正常に通るのかすらわかりませんし、通ってもlibx264を参照することはできないでしょう。
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また、AmazonLinux2はよく知らないのですが、これは「元々導入されているx264やffmpegを上書きする」意図を持った作業なのでしょうか？もしそうであった場合、パッケージ管理システムなどの管理上破綻しない形で導入しないと、後で困ることになるかもしれません。
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また、Amazon Linux2はよく知らないのですが、これは「元々導入されているx264やffmpegを上書きする」意図を持った作業なのでしょうか？もしそうであった場合、パッケージ管理システムなどの管理上破綻しない形で導入しないと、後で困ることになるかもしれません。
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そうした他の管理システムやライブラリーとの干渉を意識せずに済むように、
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そうした他の管理システムやライブラリーとの干渉を意識せずに済むように、ファイルサイズは少し大きくなる代わりに他のプログラムやライブラリーを参照しないスタティックなffmpegをビルドしてみてはどうでしょうか。下記に記した例では、ホーム直下にMyFFmpegという作業ディレクトリーを作成して、その中でffmpegのビルドまで全て完結するようにしているつもりです。
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これで作業完了すると、`$HOME/MyFFmpeg/build/bin/`の下にffmpegというファイルが出力されているはずです。このファイル1つで単独動作するものなので、これをどこか任意の場所にコピーして用いれば、libx264によるエンコードやデコードもできるようになっているはずです。
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修正
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これで作業完了すると、`$HOME/MyFFmpeg/build/bin/`の下にffmpegが出力されていますので、このファイル1つをどこかにコピーして用いれば、libx264も使えるようになっていると思います。
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オプションミス修正とffmpegのgitリポジトリーをミラーに変える
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$ git clone https://github.com/FFmpeg/FFmpeg.git
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$ cd FFmpeg
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$ git checkout refs/tags/n4.1.1
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$ PKG_CONFIG_PATH="$HOME/MyFFmpeg/build/lib/pkgconfig" ./configure --prefix="$HOME/MyFFmpeg/build" --pkg-config-flags="--static" --extra-cflags="-I$HOME/MyFFmpeg/build/include" --extra-ldflags="-L$HOME/MyFFmpeg/build/lib" --extra-libs="-lpthread" --enable-gpl --disable-shared --enable-static--enable-libx264
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$ PKG_CONFIG_PATH="$HOME/MyFFmpeg/build/lib/pkgconfig" ./configure --prefix="$HOME/MyFFmpeg/build" --pkg-config-flags="--static" --extra-cflags="-I$HOME/MyFFmpeg/build/include" --extra-ldflags="-L$HOME/MyFFmpeg/build/lib" --extra-libs="-lpthread" --enable-gpl --disable-shared --enable-static --enable-libx264
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$ make
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