回答編集履歴

  ある程度、置き場の整理はした方が良いのはファイル整理の観点からは当然ですが、どこでも良いです。

  むしろ、画像を読み出すライブラリ(PHPで言うとGDみたいな)や機能を利用すればドキュメントルートにある必要もないです。