回答編集履歴
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mysql.sock へのパスを php.ini に記述しているかどうかを確認。
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[PHP: 実行時設定 - Manual](http://jp2.php.net/manual/ja/mysql.configuration.php#ini.mysql.default-socket)
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[PHP: MySQL (PDO) - Manual](http://jp2.php.net/manual/ja/ref.pdo-mysql.php)
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デフォルトとして /tmp/mysql.sock を参照するようですが、
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mysqlの構築状況によって変わるので要調査。
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また、php.iniに記述しなくても、
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DSN接続文字列の中に記述する方法もあります。
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[PHP: PDO_MYSQL DSN - Manual](http://jp2.php.net/manual/ja/ref.pdo-mysql.connection.php)
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hostやportを使わずunix_socketを指定するのだとか。
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その他関連情報
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[MacでPDO使った時にSQLSTATE[HY000] [2002] No such file or directoryと出る場合 - Qiita](https://qiita.com/yakimeron/items/a6310bc5232eb76bae3a)
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