回答編集履歴
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内容追記
test
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@@ -1,3 +1,31 @@
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まず、`vagrant ssh`で仮想マシンにログインした上で、`bundle install`を行っていますでしょうか。
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一番犯しがちなミスとして、vagrantの外でgemのインストールを行うことが挙げられます。
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2019/2/8追記
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現在、sqliteのgemパッケージv1.4.0が問題となっているようです。
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[https://stackoverflow.com/questions/54527277/cant-activate-sqlite3-1-3-6-already-activated-sqlite3-1-4-0](https://stackoverflow.com/questions/54527277/cant-activate-sqlite3-1-3-6-already-activated-sqlite3-1-4-0)
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Gemfileにて、以下のように1.3.6を使用するよう指定してみてはいかがでしょうか。
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```Gemfile
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gem 'sqlite3', '~> 1.3.6'
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