回答編集履歴
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回答に追記
test
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サーバに転送する場合はFTPやらSFTPを使うことになると思いますが、ちまたに出回っているそれらの転送ソフトはたいていディレクトリ単位の一括転送ができるようになってますよ
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また、SSHシェルの機能を持つレンタルサーバ限定ですが、GITを使って差分アップロードをする（変更したファイルのみのアップロード）方法もあります
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「gitでデプロイ」でぐぐるといろいろでてきますんで読んでみてください
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＃さくらインターネットの共有レンタルサーバのスタンダード以上のプランでできます
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