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  , COUNT(*) AS kazoeru

  FROM table_eigyou AS t1 left JOIN table_shain AS t2

  ON t1.shainbangou1 = t2.bangou

  GROUP BY shainbangou1,shain,shozoku, DATE_FORMAT(date_sub(eigyouday, INTERVAL 3 MONTH),'%Y')

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  年度をカラムとして展開するのはクロス集計で以下の様になります。