回答編集履歴
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追記
answer
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> データベースが登場する前は、データ管理にはファイルが使われていましたが、ファイルはアプリケーションに依存するという問題があり、特にデータ量が大きくなると扱いにくくなります。
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> そのため、データ管理を独立したソフトウェアとして扱い、アプリケーションから切り離すことにし、そのデータ管理をするソフトウェアはデータベース管理システム (DBMS) 、このシステムに管理されるデータの集まりはデータベースと呼ばれることになり、大規模化した情報の管理手段として登場しました。
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[データベースの歴史(概要)](http://www.kogures.com/hitoshi/history/db-gaiyou/index.html)
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[データベースの歴史(概要)](http://www.kogures.com/hitoshi/history/db-gaiyou/index.html)
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※大規模なシステムだとデータ管理は煩雑です。
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一方、システムの設定情報などは煩雑な管理を必要としないので、iniファイルのようなものは今でも使用されています。
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用途によって使い分けられているというのが、決定的な違いでしょう。
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