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  リンクチェッカーみたいなのを自分で作るしかないですね。

  自身のWebサイト全ページに対してスクレイピングすることになるので相当負荷高そうですけど。

  リンクチェッカーが何時間も終わらない理由が「ページが多いだけ」なのであれば自作しても同じですし、どのようなツールを利用しても結果は同じと思います。

  どうするのが良いのかは現在提示されている情報だけでは判断できません。