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  連想配列からキーを削除するのに、unsetという関数が使えるようですよ。

  取得結果をひとつづつチェックして、必要に応じてunsetするというのはどうでしょうか。

 

  PHP側でnullではなく空文字列をいったんセットし、Java側でその項目をどうにかすればよいのではないでしょうか。