回答編集履歴
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mecabrcはutf-8でコンパイルした辞書をちゃんと指していますか?
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`mecab UTF
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`mecab UTF-8の中身のテキストファイル` としてちゃんと解析できますか?
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書きかえ
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mecabもcabochaも`--with-charset=utf8`ではないかと。
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~~mecabもcabochaも`--with-charset=utf8`ではないかと。
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（私自身はmecab本体にこのオプションを立てたことがないのですが、mecabの辞書とcabochaのコンパイルではそうしてました。）
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（私自身はmecab本体にこのオプションを立てたことがないのですが、mecabの辞書とcabochaのコンパイルではそうしてました。）~~
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コードを見た感じ`--enable-utf8-only`があればそこは問題にならないように見えました。
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これは、mecab(かcabocha)はUTF-8で指定されているけど辞書がそうなってないぞ、というメッセージじゃないでしょうか?
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辞書はどうコンパイルしましたか?
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mecabrcはutf-8でコンパイルした辞書をちゃんと指していますか?
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`mecab UTF−8で書かれたテキストファイル` としてちゃんと解析できますか?
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このあたりを補足/確認するといいのではないでしょうか?
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